本片是《星舰迷航记》系列电影的第五集，由原班人马主演，但改由饰演寇克船长的威廉·赛特纳执导，也是他的导演处女作。故事描述一名神秘的疯狂幻想家赛布克占领了一个遥远的星球，劫持星际大使作人质，强迫企业号宇宙飞船紧急出发，进入没有人做访过的未知宇宙去寻找传说中的上帝，但上帝到底是谁呢？本片的开场颇具震撼力，可惜发展下去难以为继，使大部分的篇幅在过分玄奥的故事框架中兴圈子，只能靠壮观的视觉特效维持其吸引力，幸好结局是略有起色，不致令观众太过失望。

2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部 对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。

　　斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。

　　可是，星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊，企图招募一艘飞船回到创世星。在与人争吵时他被逮捕，但这并没有影响到整个计划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮.

　一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，它不断地发出奇特的电波信号：功率强大的信号煮沸了海水，干扰了附近的星舰并造成了广泛的破坏。此时，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让斯波克上校复活的任务后，驾驶着从克林贡人那抢来的猛禽舰（被改名为“赏金号”）从瓦肯星返航，尽管他们已经知道了将面临军事法庭的指控：他们被指控盗窃了联邦星舰进取号，并对她的毁坏负有责任。在此关头，尚在恢复中的斯波克发现这艘外星探测器正尝试与地球上的座头鲸建立联系；但不幸的是，早在3个世纪前座头鲸就因过度的捕猎而灭绝了。

Towani一家乘坐的星际巡洋舰在恩多卫星上坠毁了。Towani家的爸爸和妈妈和他们的两个孩子Mace与Cindel失散了。伊渥克族人——恩多卫星上的土著——找到了这两个孩子。尽管孩子们与伊渥克族的交流起初非常困难，Mace和Cindel最终还是说服了伊渥克族人帮助找寻他们的父母。

由国王Terak和女巫Charal所带领的掠夺者军队袭击了伊渥克族人的村庄。Cindel的父母和兄弟全都死于这场袭击。Cindel与一个伊渥克族人Wicket逃了出来。在一片森林里，他们遇见了Teek这只非常淘气也非常敏捷的野兽。Teek把他们二人带来一位老人Noa的住处。而这位Noa有着与Cindel相似的经历——他乘坐的星际巡洋舰也坠毁在了恩多上。大家齐心合力对抗Terak和Charal。